mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCC AATGTTGTCTGGTTCAAGG GGGGAAGATATGAAGCTATTTGCTTCTGAGTGGAATGTTGTCTGGTTCAAGGTCTCGCTTGCGATTTAAGGATGATTCGTGCATGGCATGTGTAGTTTTTATTCCTTGAATCTGTGGGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAGCAATAGCTTCAAATGATATCGCGG AAAGAAAAATAGAGATGAGAAGATGAGAGGGCCGGAGAGGGACCTGAGAAGATGGGGGAAGATATGAAGCTATTTGCTTCTGAGTGGAATGTTGTCTGGTTCAAGGTCTCGCTTGCGATTTAAGGATGATTCGTGCATGGCATGTGTAGTTTTTATTCCTTGAATCTGTGGGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAGCAATAGCTTCAAATGATATCGCGGAGAGTTCGAAGCTAGTACTATATATAAATTTGTTCTGGTTCTTTGATTTTGAAATACTTGTTGAAGTGTTCGTGAGATTCCTGGTTGTTCTTAGTATGGTGTGGAGTACTGTACCCTCCAGCTGGATCTTATTACTCCACTGTGCCTTTTTGTTTGCTTGTTTGTTGCGAATCGAGGAGCAGCAAGATTGGTATAAT 3 0 3' arm Saccharum_hybrid_cultivar_CoS_767 mirnest mir-166 6e-38 sbi-MIR166a 3e-33 -65.9 ......((((((((((((((.((...((((.((((((..(((((((((.(((((((((....((((((((((.((..(((((...))))).......))...)))))))))).))))))))).)))))))))..)))))).)))))))))))))))).....)))).... (-65.9)