mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGTGGCTTTCTTGCAAGTTG ACTTGCAAGAAAGTCACAAAA GGTGGCACCAAGCATGAGGCAGGAACTGCATTACTTGCAAGAAAGTCACAAAATCAATTGCAAGATCATACTTGTGGCTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGCCTCAAGCTTGCTGCCTC ATCAGCACCCCGCTTACAGGTCACAGCCCCTTGCTCATTGGATGAATGGATGGGGCGCGGACGGAAATCGCGAGAGGATGCCAAGCATTCATTTGTCAAGCAACATTTTGTTGCTGGCCGGTCTGCGTATTGCATATGGTGGCACCAAGCATGAGGCAGGAACTGCATTACTTGCAAGAAAGTCACAAAATCAATTGCAAGATCATACTTGTGGCTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGCCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAGAGCTATTGGTAAAACAGGAAATTAACAGGATTCAATCAGTTATTGCTGGGGTAGTCTACAGCAGATGCATGGGCTCTCTTTATTGAAAGCTAGCACGTCTTTGCTTCCGTGCACT 1 0 3' arm Saccharum_hybrid_cultivar_CoS_767 mirnest MIR444 2e-46 ssp-MIR444b 4e-53 -68 ...((((.(((((.((((((((.((((((((.(((((((((((((((((((.....(((....))).....))))))))))))))))))).)))))))).)))))))).))))).)))).. (-68)