mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAGATGACCATCAGCAAACA TTTTGTTGGTGGTCATTTAACC TAATGCAGCTCCGAACCTGTTTTGTTGGTGGTCATTTAACCATGCTTCCATCGATGGGTGCATGGTTTATGGCAGAGTGTGATGCCATGAACTCATCATGGTCATGCATGTGTGCATGGTTAGATGACCATCAGCAAACATGTTCACGAGGCATGC ACCGCAACGCTTTCTTGCTCCTCGATCTCTCTAAGCTGCAGCTTCCTGTCTCCAGCTACCATTCCATGCATTTGTTCCTTGGTGATGCTGAGGGCGTGACCGCCTGAGGCTGGCTAGCTACCTAATGCAGCTCCGAACCTGTTTTGTTGGTGGTCATTTAACCATGCTTCCATCGATGGGTGCATGGTTTATGGCAGAGTGTGATGCCATGAACTCATCATGGTCATGCATGTGTGCATGGTTAGATGACCATCAGCAAACATGTTCACGAGGCATGCAAGCAAGAGATGTTCTCTCTAGCTACAGATCAGAAATCGATGACCACCACGCCATGGCTACTTCCAATGGAGGTTTTTGCGCTTCTCCGATCCCGGATGTCGTGCTTCTGCCTCCGTTCTTGATCCCGGATCTTCCGGTCTTCTTCTCAGCATTACTTTCCTTCAGAAACTGGGAGGGTTTCAATCTTTGTTTGTTTTGTGCGCATGTGGCGTGTGTTTCATGGAGATCCGTTCACTTATCTTGCTTGGTTGTTCTTCCTCTTCCTCTTCCTCTTCTTCGTCGTCATCTAGAGGATCACCAGCCGGAAATGGATGCGGTAATGGTGTCTTCATTGGGTTGACTTANGGAATATATCANGTCTCCTNCTAGGGCTTGGTCTCTCCCATCCN 0 1 3' arm Saccharum_hybrid_cultivar_SP70-1143 mirnest 100 ssp-MIR827 1e-69 -64.2 ..((((..(((.((((.(((((.((((((((((((((((((((((..((((.(((((((.((((((.(((......)))....)))))).)))))))))))............))))))))))))))))))))))))))).))))..))))))).. (-64.2)