mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAGGCACGCGGTGAATGCCAA AGTGTTCACGGCGGTCCTTAAT CGGCAAATCTCGGCTTGGCTCTTAGTGTTCACGGCGGTCCTTAATTTAACATTGTGCAATTAAGGCACGCGGTGAATGCCAAGAACAGGGCCAAATCCTCA 4 0 3' arm Branchiostoma_floridae mirbase mir-124 8e-39 sko-mir-124 0.00000000002 -36.4 ...........((((..(.((((.((((((((.(((..((((((((..((...))..))))))))..))).)))))))).)))).)..))))......... (-36.40)