mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCGAGACGAATCTTTTGAGT TTAAAAGATTTGGCTCGTCCA AAAAAAAAAACTAATTGCATAGTTTGTCTGTAAAGTTCGAGACGAATCTTTTGAGTCTAATTAATCCATGGTTGGACAAATTTTACCAAATAACAACGAAAAGTGCTACAGTAACTTTTCACCCTCAACTTTTTCATCTAAACACACCCATAGTGGAATATAGGGAAACAAAAAAGAATGGAGAAGTCGCAGCATAGTGTTAGTTCAGTTCCTTTTCTTTTTCTTTTCATGAAACCAAACCTCAGTAGGAGCAGATCCACACCAAGCTGAGAAGCAGCTCGCAGCAACAGATTAGTGCTTGCTCTCCTATTACATTACATGCATTTGCCACTAATTACTACCATTAGTACTTACTACTATTACCACCCACCAGCATTGATGTAATACTACCTAGCTAGCTCCATGTCCATGATATGCTACCGCTACAACAGCCACTAGTTCATATTCATATACACTCTGATAGCACTGTGGGCTTGTTTAGTTGGCCAATTTTTTGGCGAAATATAACTGTAGCAGTTTCGTTGTTTTTTGGCAATTAGTGTTCAATCATGATCTAATTACGCTTAAAAGATTTGGCTCGTCCATTCTGGCTAAACTGGGGAATTAGGTTAATTTT AAAAAAAAAACTAATTGCATAGTTTGTCTGTAAAGTTCGAGACGAATCTTTTGAGTCTAATTAATCCATGGTTGGACAAATTTTACCAAATAACAACGAAAAGTGCTACAGTAACTTTTCACCCTCAACTTTTTCATCTAAACACACCCATAGTGGAATATAGGGAAACAAAAAAGAATGGAGAAGTCGCAGCATAGTGTTAGTTCAGTTCCTTTTCTTTTTCTTTTCATGAAACCAAACCTCAGTAGGAGCAGATCCACACCAAGCTGAGAAGCAGCTCGCAGCAACAGATTAGTGCTTGCTCTCCTATTACATTACATGCATTTGCCACTAATTACTACCATTAGTACTTACTACTATTACCACCCACCAGCATTGATGTAATACTACCTAGCTAGCTCCATGTCCATGATATGCTACCGCTACAACAGCCACTAGTTCATATTCATATACACTCTGATAGCACTGTGGGCTTGTTTAGTTGGCCAATTTTTTGGCGAAATATAACTGTAGCAGTTTCGTTGTTTTTTGGCAATTAGTGTTCAATCATGATCTAATTACGCTTAAAAGATTTGGCTCGTCCATTCTGGCTAAACTGGGGAATTAGGTTAATTTTTATCTATATTCAATGCTCTATGCATACGGTTAAAGATCCAAGTGACGGAAAATCTGAAAAATTTAGCAAAATTTTTTGCC 3 0 5' arm Saccharum_officinarum mirnest 100 osa-MIR445h 0.0000005 -143.4 ..........((((((...(((((((.(((.((....((((.((((((((((((((.((((((...((((((((((((....((.(((((.((((((((((..(((((((((....((((.((..........(((.(((((((..(((((((((((((((.((((((..((((((((.((((.....((((((...)))).))....))))..))))))))..)))).(((.........)))((.(((.....))))).))..(((....))).(((...)))....((((((((((.(((....((((((((((.((((.........(((.(((((....))))).)))...................))))))))))))))......))).)))..((((((...)))))).....(((.....))).))))))).)))))).(((........))).)))))))))..))))))).)))..........)).))))....))))))))).)))))))))).))))).))....))))))))))))...)))))).)))))))))))))).))))....)).))).)))))))...))))))......... (-143.4)