mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAATACTGTCTGGTAATGATGTT CATCTTACCAGGCAGCATTTAGT ACAGTTTGGGATCTCGGCAACATCTTACCAGGCAGCATTTAGTTTTTGAAAGGAATACTAATACTGTCTGGTAATGATGTTGGTGGGGTTCAAACAGT 2 2 3' arm Branchiostoma_floridae mirbase mir-8 8e-36 sko-mir-200 0.000001 -46.3 ...((((((.((((((.((((((((((((((((((...(((((((((....)))).)))))..))))))))))).))))))).))))))))))))... (-46.30)