mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGTGGGGTTTTCGTTCGAGT CCGGACGAGAACCCTTCGCCAGTC TCTCCCCCGCCCGGACGAGAACCCTTCGCCAGTCGTCGGGCTTTAGCAGATCGGTGGGGTTTTCGTTCGAGTGGGGGAGACG 2 2 3' arm Branchiostoma_floridae mirbase 100 100 -52.3 ((((((((((.(((((((((((((..((((.(((.....((....)).))).))))))))))))))))).)))))))))).. (-52.30)