mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTTGGAACGGAGAGAGTAAT TACTCCCTCCATTCCAAATTA CATCATAATCCATACTCCCTCCATTCCAAATTATAAGACGGTTTTGACTTTTCTAGATACATGCTATGCTCTTAGATATACAGTCTGTTTAGATACATAGTAATTTGGAACGGAGAGAGTAATTGATTTAAG TAAGGTGTAGGGGGAGCATCATAATCCATACTCCCTGGTAAAAGTAGTAAAAATGAACTAAAAACAGAGCAGTGACCATCAGAATGCTCCAAAATAAGGTGTAGGGGGAGCATCATAATCCATACTCCCTCCATTCCAAATTATAAGACGGTTTTGACTTTTCTAGATACATGCTATGCTCTTAGATATACAGTCTGTTTAGATACATAGTAATTTGGAACGGAGAGAGTAATTGATTTAAGTCGACTGCTTCCTTGGGGACACAGACTAAATTGACAAACTTGGATATGCATATGTTTAGTTCAGAATGTGCAGATCAGAATAGATTGGATGCAGTCTTATCTTATTGTGAGCTTGACAGTATTCATGAATGCGTCCTTATAAAAAAAAAAGTTTTCATGAATCCTTGTCCAGTTGAGGTTCAGATTTCATACAAGATTTTACAAAAATTTCCATTGTTAACAATATTTTTTCACCAAGGTTGTGGATACTTGGTATATATGACCATGAATTTTATCTGATGATGTGGTTTCCTAAGTTGGTATGTACCATTCTGCCTTACCTACCTATCTGGTTCATGAGCTTCTGCGTTTTTGGAGTCATAAAGGGAACTCAAATTTGGCGCTTGAGGTTTTGGGTTTGCAAACAAGTTGCTCGTGAAGTACCCAAATCAACCTTGGCCTTTCGTGATTTAGAATAGTTAGTATATCAC 4 0 3' arm Saccharum_officinarum mirnest MIR1122 0.000000000002 100 -28.2 ......((((..(((((.((((.(((((((((((.((((((..(((.....(((((......((...))..)))))....))).)))))).........))))))))))).)))).)))))...)))).... (-28.2)