mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTTGGAATGGAGTGAGTAGA TACTTCTCCATTCCAAATTG TCCATTCCAAATTGGTAAGAAATACTTCTCCATTCCAAATTGTAAGTCATTTTGGCTTTTCTACATACATAGCTTTTGTTACATATCTAGATATACATTATGTCCGGATATAAAGTAAACACTATGTATCTAAAAAAGCTAGAACAACTTACAATTTGGAATGGAGTGAGTAGAATTTTAATCGAGTTTACTA GTGATAGTAAATCATAATCTTGTGGCGTTAATCAGAATTTCCTTCTTGCTGGTAAGAAATACTCCATTCCAAATTGGTAAGAAATACTTCTCCATTCCAAATTGTAAGTCATTTTGGCTTTTCTACATACATAGCTTTTGTTACATATCTAGATATACATTATGTCCGGATATAAAGTAAACACTATGTATCTAAAAAAGCTAGAACAACTTACAATTTGGAATGGAGTGAGTAGAATTTTAATCGAGTTTACTAAAAACAGTTTAATTGGGAGTGAGAATTTTTCATGTTACTGTTGATGATTGGCTGTTGAGAAGCAATCATATAACTGCTTCCGTTTGAAATATCATATTGAAAACAATTTCTTTTATTTGGAAATGGTTCTTATTTTCTTGATATAGCTGGTATCTGACATTTAATTGTTATGTTATTTCAAACTTTAGGATGCATGGGAAGATGTTGATCCAGATGAATACTCTTATGAGGAGCTAATTGCATTGGGTGAAGTTGTCGGTACAGAAAGCAAAGGCCTTGCTGCTGATACTATTGCTTCATTACCTTCGGTGACTTACCAGGCACAAG 2 1 3' arm Saccharum_officinarum mirnest MIR1122 0.00000000000005 100 -64.3 ...........(((((.((((.(((((((((((((((((((((((((..(((((((((((.((.((((((((......((((((((((.((((((...)))))).))))))...))))...)))))))).)).)))))))))))..)))))))))))))))))))).)))))...)))).)))))........ (-64.3)