mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATTAAATTGATTTTTGGAAGGAG CTGTTCTTATCAGTTTAATATC AGTGTAGTATCTGTTCTTATCAGTTTAATATCTGATACGCTCCGCATCGCGGAGCCATATATTAAATTGATTTTTGGAAGGAGGCTATGGA 2 4 3' arm Branchiostoma_floridae mirbase U2 2e-45 100 -32.6 ...(((((.(((.((((.(((((((((((((.((....(((((((...))))))))).)))))))))))))....))))))).)))))... (-32.60)