mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAGGTAGTTGGTTGTATTGTT CTATACAGCCCGCTAGCTTAAC TCAGCTATTCGTGGCTGAGGTAGTTGGTTGTATTGTTTCCCTTGTGTAATGTTAACTATACAGCCCGCTAGCTTAACCATGGTTGCTAACTATCCACGAAT 3 0 5' arm Ciona_intestinalis mirbase let-7 5e-34 cin-let-7e 2e-36 -32.7 ..(((...((((((.((((.((((.((((((((.(((..(.((....)).)..))).)))))))).)))).)))).))))))..))).............. (-32.70)