mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAGGTAGTTGGTTGTATCGGT TATACAGCCCGCTAACTTAAC TCAGCTATTCGTGGCTGAGGTAGTTGGTTGTATCGGTTCCCTTGTGAAATGTTAACTATACAGCCCGCTAACTTAACCATTGGTTGCTAACTATCCAC 2 1 5' arm Ciona_intestinalis mirbase let-7 7e-24 cin-let-7d 2e-36 -29.6 ..(((.((..((((.((((.((((.((((((((.((((..(.........)..)))))))))))).)))).)))).))))..)).))).......... (-29.60)