mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGCAGTGTAGTTAGCTAGTTG ACTGCTTTTTGCACTACCACG TTTCACGTGATTCTGAGGCAGTGTAGTTAGCTAGTTGTTTTCTTGCCGAGATGGACTTGCATCCCGAACGGTTTATTTCGAACAACTGCTTTTTGCACTACCACGGAAATCACTTGACT 4 1 5' arm Ciona_intestinalis mirbase 100 csa-mir-34 7e-18 -43.91 ..(((.(((((((((.((.(((((((..(((.(((((((.......(((((((((((..(.....)...)))))))))))))))))))))..))))))).)).))).)))))).))).. (-43.91)