mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAGGCTTAATAGATTCGTCT ACGAATCTTTTAAGCCTAATT CTAAATATAGACGGAAAAAAACTAATTGCACAGTTTGGTTGGAAATCACGAGACGAATCTTTTAAGCCTAATTAGTCCATGATTAGCCTTAAGTGCTACAATAACACATATGTGCTAATGATGGCTTAATTAGGCTTAATAGATTCGTCTCGCAATTTCCAGGCAAGTTATGTAATTAGTTTTTTAATTAGTATCCGAA CAGGTGAGCAGCACAATTCTGTTTACCTACTTCTGACCAGAATCTCAAAGTGTTCCTTATTCCTTACGCCTGTTTACAAAGAGGAAACCACTGGATTACTCACGAGTCACGAACTAGGCAGAGATGATGCACTGCCATTTTTTTTGCAGTCCAGATGCTTTGTTCCTTTGGCCACATGGGGTTGTTTAGTTCCAGCCCAAAAAATTTTCACCCCATCACATCGAATGTTTGACACATGCATGGAGTACTAAATATAGACGGAAAAAAACTAATTGCACAGTTTGGTTGGAAATCACGAGACGAATCTTTTAAGCCTAATTAGTCCATGATTAGCCTTAAGTGCTACAATAACACATATGTGCTAATGATGGCTTAATTAGGCTTAATAGATTCGTCTCGCAATTTCCAGGCAAGTTATGTAATTAGTTTTTTAATTAGTATCCGAAAACCCCTTCCGACATCCCGTGAAACATCTGATATGACACCCAAAAACTTTTCACCTCCCAACTAGCACCCCCATTTGTTTTGATGCCA 1 0 3' arm Saccharum_officinarum mirnest 100 osa-MIR2124e 0.000000000003 -76.7 ...........(((((((((((((((((((.((((((.((((((((..((((((((((((.((((((((((((((.((((.((((((..((.(((.((...)).))).))...)))))).)))).)))))))))))))).))))))))))))..)))))))).)))))).)))))))))))))))........)))).. (-76.7)