mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGTCCCCTTCAACCAGCTG GTTGGTAAAGTGGAATCAAAC AGAAAACATTGCGGGTGTCGGTCGTTGGTAAAGTGGAATCAAACCTTACGGTTTTAGTCCATGGTTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGCTGCTACCACGCACA 3 2 3' arm Ciona_intestinalis mirbase mir-133 6e-46 csa-mir-133 0.0000003 -38.6 .........((((((((.((((.((((((.(((.((.((((((((....((.......))..)))))))).)))))..)))))).)))).)))).)))).. (-38.60)