mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGCATAGTAACAAAAGTGATC CATTTTTCTATTATGCAACT TAATAAAATGAGAATTCTGTGTACGTGTGTCATTTTTCTATTATGCAACTTTTTTTTCATGTTAGTTGCATAGTAACAAAAGTGATCATACGTTCGCATGAG 2 1 3' arm Ciona_intestinalis mirbase mir-153 2e-27 csa-mir-153 0.000000005 -33.9 ...............((((((.(((((((((((((((.((((((((((((..(.......)..))))))))))))..)))))))).))))))).)))).)). (-33.90)