mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAGGCTTAAAAAATTCGTCT ACGAATTTATTAAGCCTAATT GTAACTCGCGAGACGAATTTATTAAGCCTAATTAATCCGTCATTAACACATTTTTACTGTAGCATCACATTATCAATTATGGACTAATTAGGCTTAAAAAATTCGTCTCACAAAATG CCTCATGGTCGATGTAAACCACCATGTTGTTCACCCTGCAACTGAGCATATAACATTGATGTCTGCATCACTAGCAATTATTCTCAAGCCATCAACTAGGGGGTGTTTGGATCCAGTGACTAAAGTTTAGGAGGTGTCATATGAGGGTGTCGCATGGGGTGTTCGGATATTAATAAAAAAATAAATTACAGAATCCGCCAGTAACTCGCGAGACGAATTTATTAAGCCTAATTAATCCGTCATTAACACATTTTTACTGTAGCATCACATTATCAATTATGGACTAATTAGGCTTAAAAAATTCGTCTCACAAAATGGTTTCAATCTGTGTATTTAGTTTCGTAATTAGTCTATATT 1 0 3' arm Saccharum_officinarum mirnest 100 osa-MIR442 2e-27 -37.1 .........(((((((((((.(((((((((((((.(((((.(((..........((.(((......))).))..))).))))).))))))))))))).)))))))))))........ (-37.1)