mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTAGGCTTAAAAAATTCGTCT ACGAATTTATTAAGCCTAATT GTAATCCGCGAGACGAATTTATTAAGCCTAATTAATATGTCATTAGCATATGTTTACTGTAACACCACATTGTCAAATCATGAACTAACTAGGCTTAAAAAATTCGTCTCACAAATTA GAGCATATCCTGAATTTGTTATTCCTTCTGCATTTAAAGTTTATTCCGCGGCAGCAATTGAACTAGATATGAATGAATGATGACTGGGCCTGCCAGGTTGCTGATGGTGTTTAAATCCAGGGGCTAAAGTCTAATTGTGTCACAGGAATCACACCGGGTATCACATGGGAGTGTTCGGATGGTAATAATAAAACAAATTACAGAAGTCTTCGGTAATCCGCGAGACGAATTTATTAAGCCTAATTAATATGTCATTAGCATATGTTTACTGTAACACCACATTGTCAAATCATGAACTAACTAGGCTTAAAAAATTCGTCTCACAAATTAGTCGCAATCTGTGAAATTAGTTATTTTTTTAGTCTATATTTAATACTCTATGCATGTGTTCAAACAACCAATGTGGTAGGGACTAAACTCTAGGGGAGGAACTAAACAAGGCCGCGTCTTTGTGACAAACTGACAATTGCACGTAGCCCATGCAGTAGCTGCCGCAATCCCAAAAGTGGATAGATGTCAGTTTCATGTTCTTCCCTGGAGCCAGTTAATGTAGAAATCTTAAATAGGAACATGGAAATGATCCTNCCCTACTTCCCTTTGTTAGATGCACCAGGTTAATTGGGCCAATGGGCAGTGAAAGAGTGCATCGTCTTTTGTTTCTG 2 0 3' arm Saccharum_officinarum mirnest 100 osa-MIR442 8e-30 -31.6 .........(((((((((((.(((((((((.(((.((((...((.(((.((((.............))))))).))..))))...))).))))))))).)))))))))))........ (-31.6)