mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTCATGGAGTTGCTCTCTTATT TCGGAGAGTAATTTCATGTTAGT TTGGAAAATATATAACTGTCCAGTGCGTGTCGGAGAGTAATTTCATGTTAGTGACATCATACTACTGTCATGGAGTTGCTCTCTTATTAGCGCTGAGGCCA 5 0 3' arm Ciona_intestinalis mirbase mir-281 1e-34 lgi-mir-281 0.000005 -38.6 .................(((((((((.....((((((((((((((((.(((((.........))))).)))))))))))))))).....)))))).))).. (-38.60)