mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAGTTTGGTGTACTGTGTGTT GACATCCCACAACGGGTTCATG ACATTGATGGAGATATGAGTTTGGTGTACTGTGTGTTGCATGTCGTCAAGCATCCAATGGCTCGACTTGCCCGACATCCCACAACGGGTTCATGGTTTCAA 9 0 5' arm Ciona_intestinalis mirbase 100 100 -25.9 .......(((((.((((((..((.(((...((((...(((.((((...(((........))))))).)))...))))...))).))..)))))).))))). (-25.90)