mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGAAGAATTGCAGGTGGTAGGT AACCACTTGTGAATCTCCAACA GCCGGAATCTGGCTGTTAGCGCAACCACTTGTGAATCTCCAACACTCGGCTTTGTCCACGACTTTGTTGAAGAATTGCAGGTGGTAGGTGCTTTCAAGCCGTAT 5 1 3' arm Ciona_intestinalis mirbase mir-1497 3e-35 csa-mir-1497 0.000000005 -39.6 ..........(((((..(((((.((((((((..(.(((.(((((.(((..........)))...))))).))).)..))))))))..)))))..).)))).... (-39.60)