mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTGTTGTAAGTAAGCTCCA GAACTTACTAATGAACAGGCT TGGAACTTACTAATGAACAGGCTTGTGTACAGCTTAGCACTATTTTCGAATGTTGGTGCTAGCTCGTTGATATAAACAGCCTGTTGTAAGTAAGCTCCA 3 1 3' arm Ciona_intestinalis mirbase 100 cin-mir-4001f 2e-51 -38.2 .(((.((((((.((.((((((((..(((((((((((((((((...........)))))))))...)))).))))...)))))))))).)))))).))). (-38.20)