mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGACCAAGTTTATAAAAAAT TTTCTATAAACTTGATCAAAC AATTAAGACAAACTTGTTTATCTGACCAAGTTTATAAAAAATATATACTAATATCTACACTATCAAATAAATAAATGGACTGGTTAACTATAATTCACAGTAATAAATCTAATGTGATGTTGAAGATATTTGTATATTTTTTCTATAAACTTGATCAAACACTTAGTACAAAGCTAAA ATTACGTACATTTGTGGATGGAGGTTCGAATAATAATAATCATAACAATAGGTGCCAAGACCACGACGAAGCGAAAATCCCAGTCGTGCTAACTTGTGCCTCTTGCACCTCCAAGGACTAACCCTTTTAGGTAGAGGTAGGTGCGTATCAGAGAGTTGTTCAGTCTCTATTTCACGATACCAAAATGACCAGCTAGCTAATGGTTTCGGCTGTCGATGATAAATGGCCTATATTCGCGAGCCTTACCTGATCTGATTGCAACATCCGAACCCAATATATAGCGATGTGAGACAAGTAGAAAATGCGGCATACACCATGAAATTGCAAGTCATTTTTATTTTGTACTAATTAAGACAAACTTGTTTATCTGACCAAGTTTATAAAAAATATATACTAATATCTACACTATCAAATAAATAAATGGACTGGTTAACTATAATTCACAGTAATAAATCTAATGTGATGTTGAAGATATTTGTATATTTTTTCTATAAACTTGATCAAACACTTAGTACAAAGCTAAAACTACTAATGACTTCGAATGAAGGTAAGAGATAAAATACCTAGTTGCTCATTGTGTCTATGGTTCATGCATGACTNCTGGACACGCCAGAAACCTGTCGTAGCAGGGACCGACACCACGTCGACCAT 4 0 5' arm Saccharum_officinarum mirnest 100 ssp-MIR437b 0.0000001 -41.1 .....(((((....)))))...(((.((((((((((.((((.((((((.(((((((.((.(((((.............((((...............)))).............))))).)).))))))).)))))).)))).)))))))))).))).....(((((.....))))). (-41.1)