mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAACGATGTTAGTCAATGCA AGTTGGTTATCATTGTTGCA TGAGTTGGTTATCATTGTTGCAATGTAAGTAACAGTAACGATGTTAGTCAATGCA 5 0 3' arm Ciona_intestinalis mirbase 100 cin-mir-4003c 2e-25 -15.8 .(.((((..((.(((((((((..(((.....)))))))))))).))..)))).). (-15.80)