mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACCCTTAACTGTCTGTTTAAAAC TGGAACATGCAGGTAAGGGCTGTTTCCCCAACCCTTAACTGTCTGTTTAAAAC 8 0 3' arm Ciona_intestinalis mirbase 100 cin-mir-4006f 3e-24 -18.5 ..(((((.((((.((((((.((......)).)))))).)))).)))))..... (-18.50)