mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CACAGTGGAGGTAAAGATTG ATTTTTGCTTTCCACTGC CACAGTGGAGGTAAAGATTGTGGTGAATTTAATGAACACGATTTTTGCTTTCCACTGC 2 1 5' arm Ciona_intestinalis mirbase 100 cin-mir-4011a 3e-27 -24.84 ..((((((((((((((((((((..............)))))))))))).)))))))). (-24.84)