mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGCTTATGTTCATGTATGC ATTATGTATATGTGAGCTA AAGCTTATGTTCATGTATGCTGTGTGTATATATGTGTGGTACAGCATTATGTATATGTGAGCTA 2 3 5' arm Ciona_intestinalis mirbase 100 cin-mir-4012-2 3e-18 -20.4 .(((((((((.((((.(((((((((.((((....)))))))))))))))))...))))))))). (-20.40)