mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGCATTATGTATGTGAGCT CTTATGTTCATGTATGCTGT AAGCTTATGTTCATGTATGCTGTGTGTATATATGTGGTACAGCATTATGTATGTGAGCT 1 1 3' arm Ciona_intestinalis mirbase 100 cin-mir-4012-2 8e-28 -20.42 .(((((((((.((((.((((((((.............)))))))))))).))))))))) (-20.42)