mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCGCCTTGCACCAAGTGAAT TCGCTTGGTGCAGATCGGGAC GCCGCCGCGCCGCCTCGGGCTCGCTTGGTGCAGATCGGGACCCGCCGCCCGGCCGACGGGACGGATCCCGCCTTGCACCAAGTGAATCGGAGCCGGCGCAGCCA ATTATCGGTCCGACCCACGCGTCCGGCGGGGAGAGCGGGGCAGCAGCGGGCGATTTGCCTGCCACGCCTCCTCCTCCCTGCTCTGTATCCATACCATTCCACTCGAGCGAGCGATCAGTGCGAGCGATTTCCGATTCGAGAGGGAAGATGTCAAGCGACCCCCGCCGCCGCGCCGCCTCGGGCTCGCTTGGTGCAGATCGGGACCCGCCGCCCGGCCGACGGGACGGATCCCGCCTTGCACCAAGTGAATCGGAGCCGGCGCAGCCATACAGCGACCGACCGCCGCGCTGCTCTTGATTGCGATGCCGTAGCCTGCTTGTTGCGTGCTTTTATTTTTTCTGATAAGGATCATGCTGCTGATTGCTGTCGGTCTGTGTCGCCGTGCGGATTGCTGTGATTCTGTGTCGCCGTTGGAATTATTAGGCGCCGTGCGGATCTCTGCTCTAGATTAAGCTATCCGGATCTGGATCTGACGCGTAATTTCGGTAGTTTGATTTTGATCTGATGGGTTGGGTGATGACGTCTTTATTTTGCAGGATCTATTGCTATAGCAGGCTATGACAATCTGCTTTAATTTTCGATGGCAGATTTTCTGTTCATAAATGAAGTTTCTGTGGTGACC 3 0 3' arm Saccharum_officinarum mirnest MIR168 1e-47 sof-MIR168a 2e-54 -59.6 ...((.((((((.(((.((.(((((((((((((..(((((.(((...((((.....)))).))).)))))..))))))))))))).)).))).)))))).)).. (-59.6)