mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTTCTCATCGATGGTCTAGA TGATCCTTGAGGAGTTAGGTC CTCGTTTTTTTTTTTGTCAAACCACTTCTCGTTTAAAATGTGTTACTTCTTCCATCAAAATCTGATCCTTGAGGAGTTAGGTCCATAAGTAAGTACACAGAGTGAACACATAACTTGATAAAATCATTTACACTTTGGACAATTTCCCATGAGATGCCAAACTTTTCAATGGAGTTTGAGTTTTTCAATGATAGCTAAAATTTGTATCTAGCACTACTTATAGCTACACTAGTATACTTGATAATATTTTGAGAGGAGTGGGGGAGATGCTGTGTTATTATTCCCTTCTCATCGATGGTCTAGATGTGTGAGGTGACTCTCATGGAAGTAAAGGGAAATGGTGATTTATAGGAAAGCATCCAC ACGGCTGGGACCGGTCCGGATCTTCCGGGATATCGTCGACCCACGCGTCCGGATGCTTCTACAGCTTGAAATATGTTGTTTAGTTCTTTATATGGTTACCAAAACGTTAAGAAACCATGTGAACATTCCCCCAAAAATTAAAGGTCTAGCCTGTAGGTCACAGTCATTAGAGCCACTCTCACTTCTCGTTTTTTTTTTTGTCAAACCACTTCTCGTTTAAAATGTGTTACTTCTTCCATCAAAATCTGATCCTTGAGGAGTTAGGTCCATAAGTAAGTACACAGAGTGAACACATAACTTGATAAAATCATTTACACTTTGGACAATTTCCCATGAGATGCCAAACTTTTCAATGGAGTTTGAGTTTTTCAATGATAGCTAAAATTTGTATCTAGCACTACTTATAGCTACACTAGTATACTTGATAATATTTTGAGAGGAGTGGGGGAGATGCTGTGTTATTATTCCCTTCTCATCGATGGTCTAGATGTGTGAGGTGACTCTCATGGAAGTAAAGGGAAATGGTGATTTATAGGAAAGCATCCACCACAATGGTATTATCCTAAAAAGGGTTAGAACATTGTCAGCTTATGGAATAATTGTTTTGTATTGCTAGATTTTGGACCAGTGGTCTGCTAATGTAACACATGTGATACTTTCGAGTATAGTTGTGTGAGCTTTATTTTTCAGGTTGAGTATAACAGCATGCCATTATTAATCAACGATGGATGCAGAAG 3 2 3' arm Brassica_napus mirnest MIR824 1e-19 bra-MIR824 6e-21 -77.7 ...((((((((....(((..((((.(((((.((((..(((.((((((((......((..((((((((.((((.(((..(((......(((((..((((.(((((...........((((...))))....))))).((...(((((((.(((((.((((((((((.....)))))))).)).)))))....((((((.((..(((.....)))....)).))))))((((......(((.............))).)))).))))))).))))))..))))).))).))).)))).)))).)))).)).))))))))...))).....))))))))).)))))))....))))))))...... (-77.7)