mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTAAAAGATTCGTCTCGCAA GTGAGACAAATTTATTAAGCC AAAAAATAAATTACAGAATCCGTCAGTAAACCGTGAGACAAATTTATTAAGCCTAATTAATCCGTCATTAGCACATGTGTTAATGTAGCACTTTATTGTTAAATCATGAACTAATTAGGCTTAAAAGATTCGTCTCGCAAAGTAGTCACAATCTGTGCAATTAGTTATT CTTGTTTTGTAGATGTTTCTCTTTGTCTATAACCTAAAATGTGTGTCAGCATATAGGTTGGCATGAATAAAGGTTCCACACATTTGTAATTAATGACTCACTATTACACTTTCCATGTGTTGATATATTTTTTATTTAGAACTTTCTGCAATTACTGAAGTTGCAAAAATTCGAACAGAAGGGGTGCACAGTGCCGAGGAGGTCGAAATGACATCGATTCAGGCCTCGTTCAGTTCTAGGGTGTAAACTTTTAGGGTGTCATGTCGGGTGTCACATGGGGGTGTCGTATAAGGTGTTCGGATACTAATAAAAAAAATAAATTACAGAATCCGTCAGTAAACCGTGAGACAAATTTATTAAGCCTAATTAATCCGTCATTAGCACATGTGTTAATGTAGCACTTTATTGTTAAATCATGAACTAATTAGGCTTAAAAGATTCGTCTCGCAAAGTAGTCACAATCTGTGCAATTAGTTATTTTTTAATCTATATTTAATATTCTATGTATATGTCCAAACATTTGATGAGATAGGGCGTAAACTTTTAGGGAGGAACTAAACAAGGGCTCAGTTGAATATTGGTCATAGCCATTGTACCT 4 0 3' arm Saccharum_officinarum mirnest 100 osa-MIR442 8e-34 -43.1 ..........((((.((.....)).))))...(((((((.(((((.(((((((((((((.....(((((((((...((((((...)))))).....)))))....))))..))))))))))))).))))).)))))))......(.((((...)))))........... (-43.1)