mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTAGTCCCGGTTGGTGTATC TAACACCAACCGAGACTAAACT TTTTAATCCCGGTTGGTAACACCAACCGAGACTAAACTCAGTCCTATAGTCCCGGTCGGTGCCACGGACCGGGACAAAAGCTGTAGTCCCGGTCTGTGGAACCGACTGGGACTAAAGGTAGGGCTTTAGTCCCGGTTGGTGTATCAACCGGGACTAAA AGAGGGATGTTCAATTTATAAGGGGAGGTTTTAATCCCGGTTGGTAACACCAACCGAGACTAAACTCAGTCCTATAGTCCCGGTCGGTGCCACGGACCGGGACAAAAGCTGTAGTCCCGGTCTGTGGAACCGACTGGGACTAAAGGTAGGGCTTTAGTCCCGGTTGGTGTATCAACCGGGACTAAAGGTCCATCCGGACACGGCCTGAGAATTAAGCCGCGGGAGAGGGACCTTTGTTCCCGGTGGGGAGACTGACGCGAACCTTAAGATATATTTAGTCCCGGTCGCCGTTCTCACCGAGACTATAGGTATTTGGGGCTATCGAGGAGAGATCGGTTATGCGTTAGATAGAAGCAGCGGTGTGCACTCTATTGTGACCGTAGATCGTACTCCTCGTGCGTGGCGGGTTTGCGATCCAGACGTGTGTATCCCGACATTTTTCTCTTTTTTCAGAGAGGGGGCTTCTTTTCCCCCGACCGCGGTGGGTTGCTCTTCACACAGAAGCGCGCGTGTCGTAGCGCCCGAGCGCGGCGGTGGTGTGTGTCTCAGACAGACTTTTCGGGTGCGTGAGTGACCCCGTCCCATCGTGCTCGACAACCGGACCCAAGAAGGGTGCGTGTCTCACGTTTTGGCCCAACTAGATGGTTTCTTC 1 1 3' arm Saccharum_officinarum mirnest 100 100 -102.6 .((((.((((((((((((.(((((((((.(((((((.((...(((.((((((((((((((.((((((((((((((..........)))))))))))))).)))))))))))))).)))...)).))))))).))))))))))))))))))))).)))) (-102.6)