mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTGGATTGAAGGGAGCTCCT GAGCTCCCTTCGATCCAATCC GAAGAAGATGGCGAAGAAAAGTGATCGAAGAGCTCCCTTCGATCCAATCCAGGAGGGGAAGTGGTCGGTTGCAGCTGCCGGTTCATGGATGCCTCTCTGGTGCAGCAATGACTAATGCTCACCTGCACTTGCATGGGTGTGCATGACCCGGGAGATGAACCCACCATCATCTTTCCCTCGTGCTTGGATTGAAGGGAGCTCCTCTCTCTTTCCTCTCTCTCTTTCTCCT CCATAGCTAGCTCATGTGCTCCTAGCTACAAGCCTAGATATAACTGGATGAGAGTATATCTTGCTATGGGGTGAATGAAGCAAGAAGAAGAAGATGAAGACGACGACGAAGAAGAAGATGGCGAAGAAAAGTGATCGAAGAGCTCCCTTCGATCCAATCCAGGAGGGGAAGTGGTCGGTTGCAGCTGCCGGTTCATGGATGCCTCTCTGGTGCAGCAATGACTAATGCTCACCTGCACTTGCATGGGTGTGCATGACCCGGGAGATGAACCCACCATCATCTTTCCCTCGTGCTTGGATTGAAGGGAGCTCCTCTCTCTTTCCTCTCTCTCTTTCTCCTTGCATATATGTATATAATATGTCGATAGTTTCTCATCCATTCTATCTCTTCTTTGCAGATGTATATATATGGAGATGCCAAGTGCGGGGAATCCTTTTTTTTTAGAGTGTGCGTGCCGCACATAGATAAACTATAGCAACTTGGGCTATGTAGGGTATGCTTACAAGAGGAGCACAAGCGCCGGGAATTTGACCATGGGTAAAAGGATTCATGCA 2 0 3' arm Saccharum_officinarum mirnest MIR159 3e-90 sof-MIR159c 4e-110 -94.2 ((.(((((.((.((.((((...((..((.((((((((((((((((((..((.(((((((((((((.((((.((.((.((((.(((((.((((((....(((((((...(((.......))).))))))).....)))))).))))).)))).)).)))))).))))....))))))))).)).)))))))))))))))))).))))..)))).)).)).))))).)).. (-94.2)