mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCCTTAAAAG TTTGGGACGAAGGGAGTACA ATGATACAATATACTCCCTCCGTCCTTAAAAGTGTGTCATTTTTGCTATGAATCTGGATAAACATTTGTCTAAATTCATAGCAAAATCTACTCTTTTGGGACGAAGGGAGTACACAACAGCA AACACCAACTACAGGGAGCCCATTACCATTAGCATGCTCATACATGATACAATATACTCCCTCCGTCCTTAAAAGTGTGTCATTTTTGCTATGAATCTGGATAAACATTTGTCTAAATTCATAGCAAAATCTACTCTTTTGGGACGAAGGGAGTACACAACAGCATCCAACCACAAAACACATGGTTCAAGTCCATGATCCAAAACAGTAGATACACCATAACACCGGCCCTAAGGGCATACCGTTAATAACAAAGGTAAACACTAACTGCAGTGTTTTTTATGCAACAAGCCTACAACATGACCACAGCTACAGACCTCACTCCGTGTGCGTCTCTGTGGGCAAGCGGATCGACGAGCAGCAATAGTAGTATCCGCTTTTGTCAAACTTAAACCTCTGAGAAAGGTGGACCTCATGAATGGGATATTCACCCCACTCCTCTTTCCCAAATTTCCTGAAGATATCCCGGGCATCAAACGAATCCTTCCACTGGTTTCGTTTATTTGTACTCTTCCGATGCCGCACATTCATTATGGTTGCGTGCAACTTCAGTTCTCTCGCGTCCCTTTCAAAAACTAGGCCTGACTTGACAAAGGCGTCAGTTATGACTTTGCAAGCACGTGCTAGGCGCCCTTTGCCAACAACTTCCAGCACGGGAGCGTATACCCACTGAACCTTAGCTGGATAGCCTTTCATGCATGTCTCTAAGCTGTATGGAGATAAGTCCATTTTCCAAAGCTTCATTTACTTGGGTTAATACTGGACTGGAACAC 1 1 5' arm Saccharum_officinarum mirnest MIR1122 0.000000007 100 -47 ...........((((((((.((((((.(((((.(((....(((((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))))))..))).))))))))))).)))))))).......... (-47)