mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATCGACAAGATCTCTCAGTGG ACTGTGGATCTTGTCCTATACT CACTGTGGATCTTGTCCTATACTTGTCGGGCGCAGCTACAATTAATCAGTATCGACAAGATCTCTCAGTGG 3 2 3' arm Ciona_intestinalis mirbase 100 cin-mir-4065 7e-35 -23.9 (((((.((((((((((..(((((.((..(..(......)..)..)).))))).))))))))))..))))). (-23.90)