mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAACAATTATCAGAAGATTTC GATCTTCTGGCTATAGTTTGT AGATCTTCTGGCTATAGTTTGTTTGAACTTCTATTCTTTAAGATCAAAATACAAACAATTATCAGAAGATTTC 4 0 3' arm Ciona_intestinalis mirbase 100 cin-mir-4084 5e-36 -19.4 (((((((((((..((.((((((((((.(((.........))).))))...)))))).))..))))))))))). (-19.40)