mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATCTCCACACTGAGTCCA GACTATGATGAGATGT GACTATGATGAGATGTTGGAGTACTGGGCTCTGATCTGCATGATTGACAATCTCCACACTGAGTCCA 5 2 3' arm Ciona_intestinalis mirbase 100 cin-mir-4088 2e-32 -13.9 ((((.((..((((((((.((((.....)))).((((.....))))))).)))))..))...)))).. (-13.90)