mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTACCTCCGTCCCAAAAAG TTTTGGGACGGAGGGAGTAGT TCCTTTAGTGTTCTACAAACATACTACCTCCGTCCCAAAAAGAATGTAACCCTCGCTTCCCGAGGAGTCAAAGATTCTTAACTTTGACTAAATACAAATAAAAACATATTGATGCTTATGATGTGTAATAAGTATAATTGGATTAGTTATGAAATATAGTTTCATAATAAACCTAATTAGAGATTAAAATGTAGATAATATCATCTATAAACTTGGTCAAATTTAAAGATTCTTTGACTCCTCGGAAATCGAGATTTACATGTTTTTTGGGACGGAGGGAGTAGTAGATTCACCCAGCAGAAA AGCTGAGCAAGGTTGGGCAGCAAACATCACAGCGAGAGAGAGAAAAAAATATCTTCCCTGGCTCAGAGATTCCCCACAAGACCAGCAAAAAAACAACATTTTTCAGTAATTTCTCTTGCTATTGAGCAAACATCACAGCTTTTCTTTTTGCAATTTTTCTTCACATTTTGTAGACATCCCTTCCTTTAGTGTTCTACAAACATACTACCTCCGTCCCAAAAAGAATGTAACCCTCGCTTCCCGAGGAGTCAAAGATTCTTAACTTTGACTAAATACAAATAAAAACATATTGATGCTTATGATGTGTAATAAGTATAATTGGATTAGTTATGAAATATAGTTTCATAATAAACCTAATTAGAGATTAAAATGTAGATAATATCATCTATAAACTTGGTCAAATTTAAAGATTCTTTGACTCCTCGGAAATCGAGATTTACATGTTTTTTGGGACGGAGGGAGTAGTAGATTCACCCAGCAGAAAAAGAATTCTCGTTTTGTTCTGGTCACGCGGTTATCTTCCAAAGCGACCTTCAGTAGATTCATCCAAAGATCTTGGTTCTGTTACTTCTGCCCGTGTACTCGAGAAACAATCCCGCCTTCAGTAGCAGCAGGCTTCCCATCTCTAGAATCCCTTCTGCTGNCGCAAC 1 0 5' arm Saccharum_officinarum mirnest MIR1122 0.00002 ssp-MIR1128 7e-156 -102.9 .......(((.(((((.....((((.((((((((((((((((.((((((..((((.((.(((((((((((((((.((((((.(((((((((.((((..((.((.(((....))).)).))...)))).(((...(((((((.((.((((((((((...)))))))))).)).)))))))....)))...(((((((......)))))))...))))))))).)).)))).))))))))))))))).)).))))..)))))).)))))))))))))))).)))))))))..))).......... (-102.9)