mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGGATTGACATGGTGTCAGA TGGCACCATGACGATCAACT TTTGGCACCATGACGATCAACTTATAAACTATGTAGTTAGCAACTTTATTGCTTATTGGTATAAAGCATAGTAGCGGATTGACATGGTGTCAGA 3 0 3' arm Ciona_intestinalis mirbase 100 cin-mir-4099 2e-48 -32.4 ((((((((((((.(((((..((.....((((((((((.(((((.....))))).)))........)))))))))..))))).)))))))))))) (-32.40)