mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAATACTCCCTCCGTTCCAAA TGGAATAGGGGGAGTACTTGT AGTGAGATACTAAATACTCCCTCCGTTCCAAATTATAAGATGTTTTGGCTTTTCTAGATACATTGTTTTTATTCTAGACATTGTGTATATCTAAGTGCATAACAAAAGATACGTATCTAGAAAAGCCAAATCGTCTTATAATTTGGAATAGGGGGAGTACTTGTTAAATTTG GTCAGTTATTTAATCAGTTGTGATTTGTTAACCTTTGCAGAACTAGAGGCACTTGATGAGGAAGATGCATATTTAGCTCAATCTGTTTTTGATCATATGCAACTAAATGACAATGAGGTATTTAGATATTGGAGGTTTTAGAAGTTTTCTTGATCAAGTGTTTAAAAATACTATTCTCATATGAGTGGTTCTGTGCTTGGTGCTGTCTCAGCTCATGCCTACATGGTCTTTTGAGGGTTTCAATTTCCTTCATGGTTCTGTGCTTCTTGTGTAACTGAATCCTTCTGTTCATCTAGGTGGGGGTGAGAGTGAGATACTAAATACTCCCTCCGTTCCAAATTATAAGATGTTTTGGCTTTTCTAGATACATTGTTTTTATTCTAGACATTGTGTATATCTAAGTGCATAACAAAAGATACGTATCTAGAAAAGCCAAATCGTCTTATAATTTGGAATAGGGGGAGTACTTGTTAAATTTGCACATTTGGATTGTGATATGAACTTCAGACCCAGGCCAATTACCGACGCAGATCANATAGAACAACAGTGAGTTGAAACTAACATCATACAGGANATTACTGAACAACAGGCATGTCAGCATGAAGCAAAGCATTGGACTAACTACCATTTCTACATCCATAGAA 2 0 5' arm Saccharum_officinarum mirnest MIR1122 2e-25 100 -67.6 .......((.(((.(((((((((.((((((((((((((((((.((((((((((((((((((..(((((((..........((((((((......))))))))..))))))).)))))))))))))))))).)))))))))))))))))).))))))))).))).))...... (-67.6)