mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATACTCCCTCCATCCCAAATT TTTAGAATGGAGGGAGTACTT GTCCTTACGTTATACTCCCTCCATCCCAAATTATAAGGCATTATAAGAATCTTGGAGAGTCAAAGGATCTCAAGTTTGACCAAATTTATATGATAAGATAATAATATTTATGACACCAATTAAGTATCATTAGATTCTTTATTAATTATATTTTTATAGTATACTTATTTGATGTTATAAATTTTTATAATTTTCTCTATAATTTTGGTCAAACTTAAGATGCTTTGACTCTCCAAGATTCTTGGAATGCCTTATAATTTAGAATGGAGGGAGTACTTGTCATTGT ACAGTCTAGGGGAAAACAGGAGCATAGCTGCTCATACTGTAGTTCTCCTGATGCGAAAGTAGAAAGAACAAATAGTACCTAACTGTACCGTGCTACAGGAAAAAGGTCCTTACGTTATACTCCCTCCATCCCAAATTATAAGGCATTATAAGAATCTTGGAGAGTCAAAGGATCTCAAGTTTGACCAAATTTATATGATAAGATAATAATATTTATGACACCAATTAAGTATCATTAGATTCTTTATTAATTATATTTTTATAGTATACTTATTTGATGTTATAAATTTTTATAATTTTCTCTATAATTTTGGTCAAACTTAAGATGCTTTGACTCTCCAAGATTCTTGGAATGCCTTATAATTTAGAATGGAGGGAGTACTTGTCATTGTTAAGTGATCTAACCAGTATGGAAATCTTTATGTTGGCCAAACATTAAGCCTGATGGCAATGAAAAAATTCTTGTAAAAAAA 4 0 5' arm Saccharum_officinarum mirnest MIR1122 0.00000007 100 -117.4 ......(((...((((((((((((...(((((((((((((((.((((((((((((((((((((((.((((.(((((((((((((.(((((.((.(((((.((((.((((((((((.(((.(((((((.((((.......(((.....)))......))))))))))).))).))))))))))..)))).))))).))))))).))))))))))))).)))).)))))))))))))))))))))).)))))))))))))))...))))))))))))..)))...... (-117.4)