mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACAGAAGAGAGTGAGCAC GCTCACTTCTCTCTCTGTCAGC GTGGGGTGGAGAAGAGGTGGAGGCTGACAGAAGAGAGTGAGCACACATGGTGCCTTTCTTGCATGATGAACGATCGAGAGGTTCATGCTCGAAGCTATGCGTGCTCACTTCTCTCTCTGTCAGCCGTTAGAACTCTCTCTCGAT GTGTAATTCCAGAGATAAACCAATCTCTAGATCTGTCTCAACAGTTCTAGTATAACCCACATATATGTACACGAAGAAAGAGAGCGAGGGAGAGTGACTATTACTACGATGATTAGTAGTTCTATATATGATTTTTTATTTTCATCGTTTTGTTACTGTTTCATGATGTTCGATTGTGGGGTGGAGAAGAGGTGGAGGCTGACAGAAGAGAGTGAGCACACATGGTGCCTTTCTTGCATGATGAACGATCGAGAGGTTCATGCTCGAAGCTATGCGTGCTCACTTCTCTCTCTGTCAGCCGTTAGAACTCTCTCTCGATCGCACCCTCCCTCGATCTCTCTTTCGTTCTCTGTCAATCTCTCCCATGGTGATATTTATTTGCTTGTCTGCGTGTTCTCTTTCCTAAGCACAGACACGACCAGTTCACGGTGCCTTAGGTGTTTTTTTGCACTTTGCCTGAAGAGAGGAAGGCAAGGGGGAGATGGGTTTTTGAAGGTTTGACAGAAGAGAGTGAGCACACACGGTGGTTTCTTANCATGAGTGCCATGCTGGGAGCTGTGCGTGCTCACTCTCTATCTGTCAGCCACTCATCAGGCCCATCTCTCTGGTNTCCGCGGCTATATGTTCGAGCCCTTGAAGTNTCTTGGACACAGATCGATCTCTTGTGCAATTATATGATTATAGAAGCTAAATATGATTAACATGTGGATCTCAATGTCGGGTATATCCTCCTCCTAT 0 2 5' arm Saccharum_officinarum mirnest mir-156 2e-22 sof-MIR156 7e-74 -58.9 .......(((((.(((.(((.(((((((((((((((((((((((.((((((....(((..((((((......(((....)))))))))..))))))))).)))))))).))))).)))))))))).)))...)))))))).... (-58.9)