mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTACTCTCTCCGTTCCAAATT TTTGGAACGGAGGGAGTACAT CTATTTGATTTCTACTCTCTCCGTTCCAAATTATAAGCCGCTTTGACTTTTTTTTGGTACATCCATTTTGCTATGCACCTAGATATAATATTATGTCTAGATACATAGCAAAATGAATGAACCAAAAAAGTCAAAGCGACTTATAATTTGGAACGGAGGGAGTACATGCAAAACT ACCTTGTTTCCAGCTTGGTGTCTGGTGAGCTATTTGATTTCTACTCTCTCCGTTCCAAATTATAAGCCGCTTTGACTTTTTTTTGGTACATCCATTTTGCTATGCACCTAGATATAATATTATGTCTAGATACATAGCAAAATGAATGAACCAAAAAAGTCAAAGCGACTTATAATTTGGAACGGAGGGAGTACATGCAAAACTTCTACCCTTTGCATAGATTACCAATATTTACAGCTGAAACATTGAAACGGAGTTTTATTCACAGGATTATTGACAATTGGTCCCCGTTTCGGTGGAGCAATTGATGATGCGGCCCGATACTTCAAAGATGCATGTGACAGGAACCTCACGCCATACGAGTTTGTTGAAGGCATGAAAAAGAAGGGAATCCGTGTGCCTGGGATCGGTCACAGGATTAAGAGCAGAGACAACAGGGATAAGCGTGTGCCAGTTCTACCAAAATATGGCTACACACATATCCCTTCAGTAAAGGACATGGGATTACGCCTGCCAGGTTGAGACCTACACCCACCCTGGCAAAAGCCAAAAATAGGTCCTTTAAGGCTAAGGGGCCAACGGAAACATTTTCTGGGATCTCCTGGTCGGAGGGGGAATGGTCACCAAACAAGAGAATCGACAGAATGGGGGAAATGGGTTTCTTAACGGGCTATTTGTGCTTGCACGGTTAATC 1 0 5' arm Saccharum_officinarum mirnest MIR1122 3e-43 tae-MIR1137 0.0005 -85.2 ...((((.....(((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((..((((.(((.((((((((((((...(((((((((....)))))))))...)))))))))))).))).)))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))....))))... (-85.2)