mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTTGGAACGGAGGGAGTACA TACTCTCTCCGTTCCAAATTA GTCTGGTGAGCTATTTGATTTCTACTCTCTCCGTTCCAAATTATAAGCCGCTTTGACTTTTTTTTGGTACATCCATTTTGCTATGCACCTAGATATAATATTATGTCTAGATACATAGCAAAATGAATGAACCAAAAAAGTCAAAGCGACTTATAATTTGGAACGGAGGGAGTACATGCAAAACTTCTACCCTTT ACCTTGTTTCCAGCTTGGTGTCTGGTGAGCTATTTGATTTCTACTCTCTCCGTTCCAAATTATAAGCCGCTTTGACTTTTTTTTGGTACATCCATTTTGCTATGCACCTAGATATAATATTATGTCTAGATACATAGCAAAATGAATGAACCAAAAAAGTCAAAGCGACTTATAATTTGGAACGGAGGGAGTACATGCAAAACTTCTACCCTTTGCATAGATTACCAATATTTACAGCTGAAACATTGAAACGGAGTTTTATTCACAGGATTATTGACAATTGGTCCCCGTTTCGGTGGAGCAATTGATGATGCGGCCCGATACTTCAAAGATGCATGTGACAGGAACCTCACGCCATACGAGTTTGTTGAAGGCATGAAAAAGAAGGGAATCCGTGTGCCTGGGATCGGTCACAGGATTAAGAGCAGAGACAACAGGGATAAGCGTGTGCCAGTTCTACCAAAATATGGCTACACACATATCCCTTCAGTAAAGGACATGGGATTACGCCTGCCAGGTTGAGACCTACACCCACCCTGGCAAAAGCCAAAAATAGGTCCTTTAAGGCTAAGGGGCCAACGGAAACATTTTCTGGGATCTCCTGGTCGGAGGGGGAATGGTCACCAAACAAGAGAATCGACAGAATGGGGGAAATGGGTTTCTTAACGGGCTATTTGTGCTTGCACGGTTAATC 2 0 3' arm Saccharum_officinarum mirnest MIR1122 3e-43 tae-MIR1137 0.0006 -87.5 ....((((((...((((.....(((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((..((((.(((.((((((((((((...(((((((((....)))))))))...)))))))))))).))).)))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))....))))..))).))).... (-87.5)