mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAATTTGGTAGAAGAGCTT GCTCTTCCTCAAAATTTATT AAGCTCTTCCTCAAAATTTATTAGTGCTGATATACTTCTTATCAAATAATATGTTGGTACAAAAAATAAATTTGGTAGAAGAGCTT 3 0 3' arm Ciona_intestinalis mirbase 100 cin-mir-4216 1e-43 -26.06 (((((((((..(.(((((((((.((((..(((((...............)))))..))))....))))))))).)..))))))))) (-26.06)