mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGCAAGATGTTGGCATAGCT TGTGCTAATGTCTAGCCTTG ATGTGACTAGCACTATGGCAAGATGTTGGCATAGCTATAAAAATGTTAAACATAGTGTGCTAATGTCTAGCCTTGGCGCTAG 2 1 5' arm Ciona_savignyi mirbase mir-31 7.0E-39 cin-mir-31 6.0E-8 -32.72 ......(((((.(((.(((.(((((((((((((.((((.............))))))))))))))))).))).))).))))) (-32.72)