mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGCAGTGTAGTTAGCTAGTTG ATTCACGTGATTCTGAGGCAGTGTAGTTAGCTAGTTGTTTTCTTATCCGGGTGGGTTTGTACCCCACATCGGTTTTCATATAAACAACTACTTTTTGCACTA 4 97 3' arm Ciona_savignyi mirbase 100 cin-mir-34 6e-18 -31.36 .((((........))))..(((((((..((.(((((((((......(((((((((.......))))).)))).........)))))))))))..))))))). (-31.36)