mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGTCCCCTTCAACCAGCTA GTTGGTAAAGAGGATCGAAC TGAGTAAAAAAAACACTGCTTGTGACGGTTGTTGGTAAAGAGGATCGAACCTGGAAAATGATGGTTTGGTCCCCTTCAACCAGCTACCGATGCAACGCACG 3 1 3' arm Ciona_savignyi mirbase mir-133 2.0E-39 cin-mir-133 3.0E-7 -37.7 ................((((((((.((((.((((((.(((.((((((((((...........)))))))))).)))..)))))).)))).))))).))).. (-37.70)