mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGCATAGTAATAAAAGTGATC CATTTTAATACTATGCAGCT GGAAAACATTGTCTTTACTGTTCACGAGTGTCATTTTAATACTATGCAGCTTTGAATAATGTTAGTTGCATAGTAATAAAAGTGATCATGCGTTTACAAGAA 3 1 3' arm Ciona_savignyi mirbase mir-153 3.0E-41 cin-mir-153 5.0E-9 -27.7 ..................(((..(((.((((((((((..((((((((((((............))))))))))))...))))))).))).)))..))).... (-27.70)