mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAATGCTAATAAGTGATTTATG ACGTGTCACATAATTAACAGCAATTACGG TAGCTAATTGTACTACTCTTACTGACGTGTCACATAATTAACAGCAATTACGGGACGGATCACTGAGCTGTAGTGATACAGAAAGTCAGCGCATCTGTAATTAATGCTAATAAGTGATTTATGGTTTCGTTCTACAAA 7 5 3' arm Ciona_savignyi mirbase 100 100 -29.8 .......(((((..((....(((.....(((((....(((..((((.(((....(((((((.((((.(((((....)))))....)))).).))))))...)))))))..))))))))....)))...))..))))). (-29.80)